10. Genomika 2.

  1. Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik
    • Microarrayek és típusaik
    • Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze
  2. Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában
  3. Genomikai adatbázisok
    • DIP, KEGG, SNP

Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik

Microarrayek és típusaik

DNS microarray-ek

A DNS microarray-ek alkalmazásai

Génexpresszió megfigyelése DNS microarray-ekkel


Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze

Génexpressziós profilok az élesztő sejtciklusának egyes fázisaiban

405827ac.jpg (28k)

Az expressziós adatok klaszteranalízise

Egyéb elemző eljárások

co1.gif (29k)

Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában

Az in silico funkcionális genomikai módszerek és a korrelált génexpressziós adatok kombinálása a legeredményesebb.

nbt06001.gif (13k)

A nyilak vonalvastagságai a módszer megbízhatóságával arányosak (legmegbízhatóbb a filogenetikai profilok módszere, legkevésbé a korrelált expresszió)

Pl. az élesztőre elvégezve, a következő típusú eredmények adódtak:

405823a1.jpg (24k)

405823a2.jpg (33k)

Sok a bizonytalanság, kísérleti megerősítés szükséges


Genomikai adatbázisok

Az új módszerek (teljes genomok szekvenálása, microarray módszerek, proteomika) újfajta adatbázisok létrehozását teszik lehetővé.

DIP: Database of Interacting Proteins (a kölcsönható fehérjék adatbázisa)


KEGG: Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes

Céljai:

Séma:

keggdb.jpg (22k)

A KEGG a japán DBLINK (GENOMENET) adatbázisrendszerbe illeszkedik be.

Használat:


Más, hasonló adatbázisok


SNP: Single Nucleotide Polymorphisms (egynukleotidos polimorfizmusok adatbázisai)

Jelentősége

Linkage disequilibrium mapping