5. Másodlagos adatbázisok

  1. Alapfogalmak
  2. Reguláris kifejezések, "aláírások" (PROSITE)
  3. "Ujjlenyomatok" (PRINTS)
  4. "Blokkok" (BLOCKS)
  5. "Profilok": Prosite, Pfam
  6. "Fuzzy" reguláris kifejezések: eMOTIF
  7. Integrált másodlagos adatbázis: INTERPRO
  8. A másodlagos adatbázisok használata

Az egyes adatbázisokról:

Alapfogalmak

Csoportosításuk

masdb2.gif (11k)

Mire jók?


Reguláris kifejezések: "aláírások" és "szabályok": PROSITE adatbázis

A PROSITE adatbázis tartalma: Reguláris kifejezések

Összerendezésből származtatható a reguláris kifejezés:

ÖsszerendezésReguláris kifejezés
ADLGAVFALCDRYFQ
SDVGPRSCFCERFYQ
ADLGRTQNRCDRYYQ
ADIGQPHSLCERYFQ
[AS]-D-[IVL]-G-x4-{PG}-C-[DE]-R-[FY]2-Q

Jelölések

PROSITE tartalma:

A PROSITE készítése

PROSITE állományok

Háromféle:

Keresés a PROSITE-ban


"Ujjlenyomatok": PRINTS

A PRINTS tartalma

Fehérjecsaládokra jellemző "ujjlenyomatok": összerendezések hézagmentes, konzerválódott szakaszainak ("motívumok") halmazai

A PRINTS készítése

PRINTS állományok

Példa

Keresés a PRINTS-ben


"Blokkok": BLOCKS

A BLOCKS tartalma

Fehérjecsaládokra jellemző "blokkok" halmazai: összerendezések hézagmentes, konzerválódott szakaszainak halmazai (mint a PRINTS, de más az előállítási mód és az eredmény)

A BLOCKS készítése

BLOCKS állományok

Példa

Keresés a BLOCKS-ban

A BLOCKS bővítései

Több más adatbázist konvertáltak BLOCKS formátumra, így ezekben együttesen lehet keresést végezni.

blockspl.gif (11k)

(Az ábrán szereplő számok régebbiek!)


Profilok: PROSITE, Pfam

Tartalmuk

A profilok összerendezett szekvenciákból származtatott, a teljes szekvenciát leíró matematikai objektumok. Két fajtájuk:

Elkészítésük

A többszörös összerendezésekből matematikai úton

PROSITE profilállomány

Példa

Pfam állományok

Keresés profiladatbázisokban


"Fuzzy" reguláris kifejezések: eMOTIF

Az eMOTIF tartalma

Fuzzy reguláris kifejezések, különféle szignifikanciaszintekre optimalizálva.

Fuzzy: többféle aminosavat is megenged a konzerválódott pozíciókban, hasonlóság szerinti csoportokban:

aminos.gif (7.5k)

ÖsszerendezésFuzzy reguláris kifejezés
ADLGAVFALCDRYFQ
SDVGPRSCFCERFYQ
ADLGRTQNRCDRYYQ
ADIGQPHSLCERYFQ
[ASGPT]-D-[IVLM]-G-x5-C-[DENQ]-R-[FYW]2-Q

Az engedékenység és a találatok számának viszonya:

Reguláris kifejezésTalálatok száma az OWL 29.6-on
D-A-V-I-D71
D-A-V-I-[DENQ]252
[DENQ]-A-V-I-[DENQ]925
[DENQ]-A-[VLI]-I-[DENQ]2739
[DENQ]-[AG]-[VLI]2-[DENQ]51506
D-A-V-E1088

Az eMOTIF készítése

Keresés az eMOTIF-ban


Integrált másodlagos adatbázis: INTERPRO


A másodlagos adatbázisok használata

Ld. példák