3. Páronkénti szekvencia-összerendezés

  1. Alapfogalmak
  2. Hasonlósági mátrixok (PAM, BLOSUM)
  3. Statisztikai szignifikancia
  4. A pontábrázolás
  5. Lokális és globális hasonlóság
  6. Globális összerendezés: Needleman--Wunsch-algoritmus
  7. Lokális összerendezés: Smith--Waterman-algoritmus
  8. Szekvenciahasonlósági keresések adatbázison (FASTA, BLAST)
  9. Webhelyek

Alapfogalmak

Jelentőség

Ábécék, komplexitások

Egyszerű manuális összerendezés

Összerendezés előtt:

                 1. szekvencia:      AGGVLIIQVG
		                     ||||||
		 2. szekvencia:      AGGVLIQVG

Összerendezés után:

                 1. szekvencia:      AGGVLIIQVG
		                     ||||| ||||
		 2. szekvencia:      AGGVL-IQVG

Hasonlósági mátrixok

A Dayhoff-féle PAM mátrixok

A BLOSUM mátrixok


Statisztikai szignifikancia


A pontábrázolás (dotplot)


Lokális és globális hasonlóság


Globális összerendezés: Needleman--Wunsch-algoritmus


Lokális összerendezés: Smith--Waterman-algoritmus


Szekvenciahasonlósági keresések adatbázisokon

FASTA

Példa (FASTA)

BLAST


Webhelyek

Lásd ExPASy: Proteomics Tools