11. Molekuladinamika és dokkolás.
Bioinformatikai programcsomagok.
Bioinformatika a gyakorlatban

Molekuladinamika

A fehérje mozgásainak szimulációja

A potenciálisenergia-felület


A forcefield


A párkölcsönhatások problémája


Az oldószer modellezése


Eljárások

Energiaminimalizálás

Molekuladinamika


A fehérjemolekulák belső mozgásainak típusai

A mozgás típusaTérbeli kiterjedés
(angström)
Amplitúdó
(angström)
Jellemző időskála
Kötések rezgései2-50,01-0,110-100 fs
Globuláris régiók rugalmas deformációi10-200,05-0,51-10 ps
Felszíni oldalláncok rotációja5-105-1010-100 ps
Eltemetett csoportok torziós rezgései5-100,510 ps - 1 ns
Globuláris domének relatív mozgásai10-201-510 ps - 100 ns
Belső oldalláncok rotációja55100 mikrosec - 1 s
Allosztérikus átmenetek5-401-510 mikrosec - 1 s
Lokális legombolyodás5-105-1010 mikrosec - 10 s

A molekuladinamika korlátjai


Mire használható a molekuladinamika?


Molekuladinamikai programok

(Csak példák, sokkal több is van!)

Dokkolás

autodock.gif (9.7k)
Benzamidin dokkolása tripszinhez

Eljárás lényege: az egyik molekula mozgatása és forgatása a másik felszínén, eközben az illeszkedés értékelése.

Az illeszkedés értékelésének módja szerint:

  1. Egyszerű geometriai illeszkedés figyelembe vétele
  2. Az illeszkedés kiértékelése bonyolult energiafüggvénnyel, elektrosztatikus komplementaritás, stb.

A modell szerint:

  1. Mindkét molekula merev
  2. Az egyik molekula (ált. a ligandum) flexibilis, a másik (ált. a fehérje) merev
  3. Mindkét molekula flexibilis (a keresés nagyon időigényes)

Az algoritmus szerint:

Programok: DOCK, AutoDOCK, FTDOCK, GRAMM, stb. (weben elérhetőek)

Eredményesség


Bioinformatikai programcsomagok

A programcsomagok használatának előnyei a különféle webes szolgáltatásokkal és különböző eredetű programokkal szemben:

Hátrányok viszont:


Átfogó programcsomagok szekvenciaanalízisre

Wisconsin csomag (GCG)


Staden csomag

Lasergene csomag


EMBOSS


Specializáltabb programcsomagok

Alfresco

VectorNTI, MacVector

"Bővített" szekvenciaeditorok


Bioinformatika a gyakorlatban

Az eddig tanultak szintézise.

A szekvenciaanalízis egy javasolt stratégiája

seqan1.gif (18k)